（二）、1995年7月5日 国务院发布《中华人民共和国知识产权海关保护条例》（国务院令〔1995〕0179），1995年10月1日实施。
1、1995年9月28日 海关总署关于发布《中华人民共和国海关关于知识产权保护的实施办法》的通知（海关总署令第54号） （署监〔1995〕0763），1995年10月1日正式实施。
2、2001年7月12日 ，《海关总署关于知识产权权利人提交担保有关问题的批复》（署法函〔2001〕0239）
3、2001年7月16日， 《政法司关于知识产权权利人变更许可人有关问题的批复》（政法函〔2001〕0070）
4、2002年8月21日 ，《海关总署办公厅关于统一和规范知识产权海关保护对外宣传口径有关问题的通知》 （署办发〔2002〕0051）。
5、2003年3月南京海关制发了《南京海关关于加强知识产权海关保护工作的通知》(宁关法[2003]79号)，明确知识产权保护职能部门的职责、各隶属海关及有关业务部门的分工，统一和规范了全关区对侵犯知识产权案件的处理、侵权货物的处置。
6、2003年11月南京海关制定了《南京海关知识产权保护操作规程》，从而建立了从权利申请到侵权货物最终处置的一套完整的工作机制。

（三）、2003年12月2日，国务院发布重新修订《中华人民共和国知识产权海关保护条例》（国务院令〔2003〕0395），2004年3月1日起实施。
1、2004年5月25日 中华人民共和国海关关于《中华人民共和国知识产权海关保护条例》的实施办法 （令〔2004〕0114），2004年6月1日起实施。
2、2004年5月25日 海关总署2004年第15号关于收取知识产权海关保护备案费的公告 （公告〔2004〕0015）
3、2004年7月14日 海关总署关于实施《中华人民共和国海关关于<中华人民共和国知识产权海关保护条例>的实施办法》的通知。 （署法发〔2004〕0243）
4、2004年7月23日南京海关修订《南京海关知识产权保护操作规程》，下发关区各关。
5、2004年11月23日南京海关根据《中华人民共和国海关〈关于中华人民共和国知识产权海关保护条例〉的实施办法》修订印发《南京海关知识产权海关保护操作规程》，规范关区知识产权海关保护工作。（宁关法发〔2004〕437号）
6、2005年8月31日 政策法规司关于强调在知识产权保护中应依法向权利人收取担保的通知 （政法函〔2005〕0077）
7、2005年9月21日 海关总署2005年第48号关于禁止侵犯受我国法律、行政法规保护的知识产权的货物、物品进出境有关事项的公告 （公告〔2005〕0048）
8、2005年10月15日因海关调查与辑私职能调整，南京海关再次相应修订《南京海关知识产权保护操作规程》，下发关区各关。

二、案件查处情况
从张家港海关1996年5月13日查获第一起侵权案件以来，截至2005年，南京关区海关共查获侵权案件226件，案值4200多万元人民币。
关区共查获侵权案件226起，案值512.6万美元。
1、1996年查获侵权案件8起，案值73万美元。
2、1997年查获侵权案件12起，案值57万美元。
3、1998年查获侵权案件9起，案值19.3万美元。
4、1999年查获侵权案件10起，案值30.9万美元。
5、2000年查获侵权案件24起，案值51.7万美元。
6、2001年查获侵权案件19起，案值57.5万美元。
7、2002年查获侵权案件8起，案值18.6万美元。
8、2003年查获侵权案件23起，案值47万美元。
9、2004年查获侵权案件54起，案值74万美元。
10、2005年查获侵权案件59起，案值83.6万美元。
三、 机构设置
1、2001年4月之前，南京关区知识产权保护工作职能部门是货管处，对侵权案件的调查和处理在调查处。
2、2001年4月，南京海关成立法规处，关党组明确知识产权保护工作职能归口在法规处。
2002年12月，成立知识产权科，人员3人，目前增至4人。