2001年12月，南京市知识产权局正式挂牌。
2001年5月10日，国家知识产权局确定增加南京等7个城市为全国城市专利工作试点城市。
2001年，市科技局筹集53万元专项经费，首次对在宁各企事业单位和个人的发明、实用新型和外观设计专利的申请经费进行补助。
2001年，根据国家知识产权局《促进技术创新城市专利工作导则》的精神，结合南京市实际，制定了《南京市专利试点工作方案》。
2001年，制定《南京市专利工作“十五”计划纲要》。
2002年4月，南京知识产权网正式开通。
2002年，启动《南京市专利管理条例》立法工作。
2002年，市政府批准设立南京高科技专利创业园孵化基地。
2002年，我市将知识产权基本知识纳入专业技术人员继续教育必修科目。
2002年，开展专利发展战略的研究和制订，启动全市专利总体战略、专利法制环境研究、重点企业及技术领域专利战略研究等。
2002年，市知识产权局被省科技厅、省知识产权局评为2002年度知识产权工作单位。
2003年2月，市政府批准在南京理工大学国家大学科技园内，设立南京高科技专利创业园研发基地。
2003年9月，鼓楼区南京高科技专利创业园孵化基地在广州路177号正式挂牌。
2003年9月，南京理工大学科技园、省中医药研究院被列入国家知识产权局专利产业化试点基地。
2003年，市知识产权局被国家人事部、国家知识产权局评为全国专利系统先进集体，被省科技厅、省知识产权局评为全省知识产权先进集体
全市有4个区被列入江苏省知识产权试点区域，其中3个区被评为2003年省知识产权工作先进集体。
2003年9月，市科技局与市财政局联合印发了《南京市专利专项资金管理办法》，对南京市辖区内企事业单位、机关、团体和个人的专利申请给予部分资助。
2004年3月，南京专利集市挂牌开设市。
2004年6月，南京市知识产权办公会议办公室首次发布《2003年南京市知识产权保护状况》白皮书。
2004年，我市程培元等7名科技人员获由江苏省知识产权局、江苏省人事厅等9部门颁发的 “江苏省首届十大杰出专利发明人”，侯喜林2名科技人员获 “江苏省十大优秀专利发明人”。
2005年4月，新街口商圈启动知识产权保护示范街区创建活动。
2005年5月，南京市知识产权办公会议办公室发布《2004年南京市知识产权保护状况》白皮书。
2005年7月，国家知识产权局和全国整规办共同牵头组成的“保护知识产权——我们在行动”联合调研报道工作组，对南京市知识产权工作总体情况进行采访。
2005年8月，江宁区通过省知识产权区域试点考核验收，并被批准为省知识产权区域示范区。同时，白下区被新批准为省知识产权区域试点区。
2005年10月，南京春辉科技实业有限公司张耀明院士获得“发明创业奖”特等奖，并被授予“当代发明家”荣誉称号，南京农业大学园艺学院院长侯喜林教授荣获全国首届“发明创业奖”。
15个单位获省第四届优秀专利项目奖。江苏省农科院等5家单位获得优秀专利项目金奖，熊猫电子集团有限公司等3家单位获得银奖，南京轻工机械厂等3家单位获得铜奖，南京第二机床厂等5家单位获得优秀奖。
2005年11月，国务院保护知识产权专项行动督查组来宁检查，市政府许慧玲副市长汇报了南京市知识产权保护的工作情况。
2005年12月，南京市知识产权工作荣获省多项表彰。市知识产权局等5家单位获“江苏省知识产权工作先进集体”，秦淮区科技局等3家单位获“江苏省宣传培训工作先进单位” ，市知识产权局等2家单位获“江苏省政务信息工作先进单位”，市、区（县）5位同志获“江苏省知识产权工作先进个人”、2位同志获“江苏省政务信息工作先进个人”。