1988年3月，市科技局在其内设机构中设立专利管理处；
1989年，我市组织一批专利、专有技术参加深圳专利专有技术交流交易会和全国第四届发明展览会，共有11项获得江苏省“佳利奖”， 2项专利获得全国发明展览会奖。
1991年，在中国专利金奖评选中，南化公司研究院“脱除混合气中二氧化碳的复合催化碳酸钾溶液”、南京玻璃厂“娃娃头气压瓶及饮料壶系列”被评为中国专利优秀奖。
1991年，南京市13项参加第二届江苏省专利佳利奖评选中，获3个金牌、2个银牌、6个优秀奖。
1992年市科委专利管理处更名为南京市专利管理处。
1992年，在《专利法》颁布7周年之际，市科技局与市电视台联合拍摄了反映本市专利工作的电视片。
1992年3月，南京市专利事务所正式成立并对外服务。
1992年，在第六届全国发明展览会上，南京展团被评为先进展团。
1992年，我市将20项专利项目列入全市奋斗目标。
1995年，我市组团参加北京举办的“中国专利10年成就展”，参展项目中获得2个金牌、4个银牌。
1997年，南大专利事务所、熊猫电子集团公司等9个先进集体，柏尚春等14位先进个人获得表彰。
1997年底，市知识产权办会同各成员单位开展知识产权执法联合行动。
2000年南京金陵制药集团股份公司的“脉络宁注射液”专利产品被国家知识产权局列为“专利示范工程”。
2000年，扬子石化集团的“对苯二甲酸残液的综合利用”等5个单位的7个产品获江苏省优秀专利称号。
2000年，我市组织企业参加由国家知识产权局主办的“专利法实施15周年专利成就展”。
2001年12月，南京市知识产权局正式挂牌。
2001年5月10日，国家知识产权局确定增加南京等7个城市为全国城市专利工作试点城市。
2001年，市科技局筹集53万元专项经费，首次对在宁各企事业单位和个人的发明、实用新型和外观设计专利的申请经费进行补助。
2001年，根据国家知识产权局《促进技术创新城市专利工作导则》的精神，结合南京市实际，制定了《南京市专利试点工作方案》。
2001年，制定《南京市专利工作“十五”计划纲要》。
2002年4月，南京知识产权网正式开通。
2002年，启动《南京市专利管理条例》立法工作。
2002年，市政府批准设立南京高科技专利创业园孵化基地。
2002年，我市将知识产权基本知识纳入专业技术人员继续教育必修科目。
2002年，开展专利发展战略的研究和制订，启动全市专利总体战略、专利法制环境研究、重点企业及技术领域专利战略研究等。
2002年，市知识产权局被省科技厅、省知识产权局评为2002年度知识产权工作单位。
2003年2月，市政府批准在南京理工大学国家大学科技园内，设立南京高科技专利创业园研发基地。
2003年9月，鼓楼区南京高科技专利创业园孵化基地在广州路177号正式挂牌。
2003年9月，南京理工大学科技园、省中医药研究院被列入国家知识产权局专利产业化试点基地。
2003年，市知识产权局被国家人事部、国家知识产权局评为全国专利系统先进集体，被省科技厅、省知识产权局评为全省知识产权先进集体
全市有4个区被列入江苏省知识产权试点区域，其中3个区被评为2003年省知识产权工作先进集体。
2003年9月，市科技局与市财政局联合印发了《南京市专利专项资金管理办法》，对南京市辖区内企事业单位、机关、团体和个人的专利申请给予部分资助。
2004年3月，南京专利集市挂牌开设市。
2004年6月，南京市知识产权办公会议办公室首次发布《2003年南京市知识产权保护状况》白皮书。
2004年，我市程培元等7名科技人员获由江苏省知识产权局、江苏省人事厅等9部门颁发的 “江苏省首届十大杰出专利发明人”，侯喜林2名科技人员获 “江苏省十大优秀专利发明人”。